Le parquet de Besançon a ouvert une enquête après la diffusion, largement partagée, d’une vidéo montrant un policier frappant un jeune homme au sol avec un bâton lors de la manifestation du 17 octobre. L’affaire a été ouverte le 19 octobre et confiée à la « cellule déontologie » au sein de la direction interrégionale de la police nationale pour le Doubs. Le procureur Cédric Logelin a confirmé les faits le 22 octobre, en qualifiant les faits de « violences par une personne dépositaire de l’autorité publique ». Sur la séquence filmée, visible lorsque des policiers interviennent dans le centre-ville tard dans l’après-midi du samedi 17 octobre, la manifestation avait déjà tourné au chaos, avec des pillages et des violences signalés dans d’autres régions de France. Un jeune homme masqué, portant des gants blancs, apparaît en train d’essayer d’arrêter une moto en levant les deux bras. Un agent le plaque ensuite au sol et le frappe avec ce qui ressemble à cinq coups de bâton. Un autre policier retient le collègue et libère le jeune homme. Les agents reviennent ensuite vers lui et lui demandent de partir. Le manifestant est ensuite relevé par un autre participant avant de s’éloigner des forces de l’ordre. La préfecture du Doubs avait également annoncé une enquête administrative. Dans l’intervalle, le préfet Rémi Bastille a mis en place de nouvelles mesures de maintien de l’ordre, notamment l’interdiction de rassemblements sur la voie publique dans le centre-ville de Besançon le samedi 24 octobre de 21h à minuit. Les contrevenants s’exposent à une amende forfaitaire de 135 euros, et à Besançon comme à Montbéliard, le port d’équipements de protection tels que casques, masques et lunettes de protection est interdit, sauf motif légitime. L’enquête pénale se poursuit. Le parquet continue son travail via l’unité d’éthique de la police.